Creative heeft het besturingssysteem zelf ontwikkeld. Het firmware van de speler is mede hierdoor upgradable. Creative is plug-ins aan het ontwikkelen voor Napster en Musicmatch zodat het apparaat deze software direct herkent.

Deze Zen biedt 20% meer opslagruimte en 50% langere batterijduur dan de iPod, hoewel het iPod's online bron met beschermde liedjes mist. De speler wordt geleverd met een ingebouwde harde schijf van 5 GB.

The Zen Micro werkt ook samen met Microsoft Outlook, waardoor je een read-only versie van de kalender-, contact- en agenda gegevens op de Zen kan opslaan. Als je laat bent voor een afspraak gaat er een stil alarm af, wat wel jammer is, dit zou net zo goed een biep kunnen zijn.